On the Mishkan and it’s significance

The following explores a major philosophical dispute regarding the Mishkans purpose which impacts the aron and other keilims relationship to it along with various halachic positions explained in light of it

Rambam (sefer hamitzvos asei 20) says that one of the primary purposes of the mikdash is for avodah and that the word “mikdash” connotes, in addition to the structure, the klei hamikdash as well. 

היא שצונו לבנות בית הבחירה לעבודה, בו יהיה ההקרבה והבערת האש תמיד ואליו תהיה ההליכה והעליה לרגל והקבוץ בכל שנה. והוא אמרו יתעלה ועשו לי מקדש. ולשון ספרי שלש מצות נצטוו ישראל בעת כניסתן לארץ למנות להם מלך ולבנות להם בית הבחירה ולהכרית זרעו של עמלק. הנה התבאר שבנין בית הבחירה מצוה בפני עצמה. וכבר בארנו שזה הכלל כולל מינים רבים שהם המנורה והשלחן והמזבח וזולתם כלם מחלקי המקדש והכל יקרא מקדש

Ditto for beis habechira 1:1

מצות עשה לעשות בית לה' מוכן להיות מקריבים בו הקרבנות, וחוגגין אליו שלש פעמים בשנה שנאמר ועשו לי מקדש

In ibid 1:6-7 Rambam delineates the klei habayis ie the mizbeiach menorah shulchan kiyor etc—and not in hilchos klei hamikdash which is lshitaso in sefer hamitzvos that the keilim are included in the mikdash

I would venture to explain that either 1) being that the aim and purpose of the mikdash is avodah—which is facilitated by those keilim—they are therefore included in the mikdash, or 2) stationary keilim are conceived of as being part and parcel of the mikdash

In ibid 7:1 Rambam writes as follows

מִצְוַת עֲשֵׂה לְיִרְאָה מִן הַמִּקְדָּשׁ שֶׁנֶּאֱמַר וּמִקְדָּשִׁי תִּירָאוּ 

and in halacha 10

וְאָסוּר לְאָדָם שֶׁיַּעֲשֶׂה בַּיִת תַּבְנִית הֵיכָל. אַכְסַדְרָא תַּבְנִית אוּלָם. חָצֵר כְּנֶגֶד הָעֲזָרָה. שֻׁלְחָן בְּצוּרַת שֻׁלְחָן. וּמְנוֹרָה בְּצוּרַת מְנוֹרָה

Lshitaso, he is able to include the keilim in the mitzvah of yiras mikdash and is therefore able to use it as a source for not duplicating the keilim—in addition to the permanent structure 

(the gemaras source is from "lo sa’asun iti" which the Rambam may have been uncomfortable with given its theological implications—see below his opinion regarding Kavod)

The Aron, which does not lend itself to service and/or is not stationary as is removed for war, is conspicuously absent from any of the above sources and only tangentially touched upon at the beg of chapter 4 which primarily deals with the layout and measurements of the mikdash

Ramban, on the other hand, has an entirely different conception of the Mishkan and its purpose in which the Aron is the primary component and the other more "utilitarian" keilim are less essential 

Ramban Shemos 25:2 

והנה עקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחת השכינה שהוא הארון, כמו שאמר ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפרת, על כן הקדים הארון והכפרת בכאן כי הוא מוקדם במעלה

hasagos haramban lsefer hamitzvos asei 33

לפי שאין הכלים חלק מן הבתים

(Altho admittedly needs some looking into as Aron is also spun off there)

I think that their underlying disagreement can be well explained based on their diff hashkafos

Rambam is of the opinion, in line with his general metaphysical philosophy, that God cannot be conceived of as being localized

Moreh 1:19

מלא כל הארץ כבודו , ופירושו: כל הארץ מעידה על שלמותו כלומר, מצביעה עליה. וכן דברו: כבוד ה' מלא את המשכן. כל לשון מליאה שאתה מוצא אותה מוסבת על האל היא במשמעות זאת, ולא שיש גוף הממלא מקום. אלא אם אתה רוצה לפרש כבוד ה' כמציין את האור הנברא אשר נקרא כבוד בכל מקום, והוא אשר מלא את המשכן, אין זה מזיק.
 
and that the entire institution of Mishkan is merely a concession to gradually wean the Israelites off of idol worship which came along with animal sacrifice
 
Ibid 3:32

 והדרך המפורסמת בעולם כולו, שהסכינו אליה באותם ימים, והפולחן הכללי שגדלנו עמו, לא היה אלא להקריב מיני בעלי-חיים באותם מקדשים שהציבו בהן הצורות, ולהשתחוות להן, ולהקטיר קטורת לפניהן - היראים והסגפנים היו באותם ימים דווקא האנשים המתמסרים כליל לשרות אותם מקדשים העשויים לכוכבים, כפי שהסברנו - לא הצריכו חוכמתו יתעלה ועורמת-חסדו, הנראית בבירור בכל מה שברא, שיצווה עלינו לדחות את מיני דרכי פולחן אלה, לעזוב אותם ולבטלם, כי זה היה באותם ימים דבר שאין להעלות על הדעת לקבלו בהתאם לטבע האדם אשר לעולם נוח לו במה שהסכין אליו. הדבר היה דומה באותם ימים כאילו בימינו היה בא נביא הקורא לעבוד את האל והיה אומר: "האל ציווה עליכם שלא תתפללו אליו ולא תצומו ולא תשוועו אליו בעת צרה. עבודתכם תהיה רק מחשבה בלי מעשה כלל".

לכן השאיר יתעלה את מיני העבודות האלה והעבירן מהיותן לנבראים ולדברים דמיוניים שאין להם מהות אמיתית, להיות לשמו יתעלה, וציוונו לעשותם לו יתעלה. לכן ציווה לנו לבנות לו מקדש

Whereas Ramban, in accord with his generally more Chazal grounded and kabbalistically inclined worldview, holds that housing God amongst us is a theologically tenable and even ideal arrangement and that that is the primary goal of the Mishkan (and Aron) 

Ramban Shemos 25:2

והנה עקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחת השכינה שהוא הארון, כמו שאמר ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפרת, על כן הקדים הארון והכפרת בכאן כי הוא מוקדם במעלה

Bereishis 46:1
 
וחס ושלום שיהיה הדבר הנקרא שכינה כבוד נברא, חוץ מהשם הנכבד ית׳

ובדברי רבותינו דברים רבים יורו על שם השכינה שהוא האל ית׳.

the korbanos, albeit intrinsically important (see Ramban to vayikrah 9:1 where he disagrees with Rambams conception) are not seen as the primary aim of the Mishkan

I think that a disagreement of theirs in Sefer hamitzvos viz if it is the kohanim or the leviyim that are tasked with carrying the Aron is well explained lshitasum, Rambam (who btw only lists carrying the Aron as a mitzvah as opposed to the other keilim) views the Aron as a mostly disparate entity from the mikdash and its service vessels, and more to do with housing the luchos and waging wars (which may explain why the badim always need be emplaced), which fall into the kohens domain as a teacher of torah and mashuach milchamah, in contradistinction to Ramban who views the Aron as the primary vessel in the mikdash and most definitely subject to the leviyims purview as carriers and transporters of the Mishkan